慶応四年五月十五日、上野の山に火の手が上がり、幕軍彰義隊は薩長軍の前に敢え無くその命脈を絶った。辛うじて生き延びた残党にも、官軍による厳しい詮議と苛酷な現実が待ち受けていた。
その灰燼の中から甦った二人の彰義隊士がいた。
一人は時代に復讐するASSASSIN（刺客）となり、一人は彼を食い止めるため、もう一人のASSASSINとなる。
徳川から明治へ―――。時代に翻弄される二人の男の戦いが落葉舞う紅葉坂で始まろうとしていた―――。