文久三年春、満開の桜が散り騒ぐ京都に、一団の男達が上洛した。倒幕を企て、京の町を騒乱の坩堝に陥れていた尊皇攘夷派の志士達を取り締まるために、幕府から徴募された浪士隊の一行である。浪士隊はやがて京都守護職会津藩の預かりとなり、“新選組”の名を与えられる。
腕に覚えの新選組は、人斬りの異名を持つ土佐勤皇党の岡田以蔵や薩長同盟を目論む土佐浪人坂本龍馬ら、倒幕派の大物を追い、京洛に血の雨を降らせて行く。一方で、隊内でも、近藤勇を中心とする一派と芹沢鴨を中心とする一派の対立が激化。近藤は、土方歳三、沖田総司らに芹沢一派の暗殺を命じる。さらに近藤、土方は、隊を脱した盟友山南敬助までも、非情な掟によって処刑する。
瓦解して行く幕府と命運を共にする様に、新選組の崩壊も始まっていた。その渦中で、近藤、土方、沖田の、それぞれの思いが交錯するー。